Io francamente non ho mai avuto bisogno di deframmentare perche' usando 2 HD dedicati alla registrazione dell'audio qundo posso ne svuoto uno e poi formatto tutto e riparto da zero.
In ogni caso c'e' un software che si occupa proprio di quel che tu vuoi e si chiama iDefrag:
http://www.coriolis-systems.com/iDefrag.php
Non e' un freeware ma costa "solo" (tutto e' relativo!!!) 25 euro (+IVA)... la versione demo ti permette di vedere a che punto e' la deframmentazione del tuo disco ma ti permette di farla solo con dischi sino a 100 Mb (praticamente inutilizzabile!!!), se compri la licenza ovviamente l'uso e' illimitato!
Cia'...sense!